La Agrupación de Universidades Regionales inicia su funcionamiento el 4 de enero de 1996, como continuadora de la Coordinación de Iniciativas de Universidades Regionales, organismo que coordinaba los Consejos de la Región de Valparaíso, Norte y Sur.

La primera directiva de AUR estuvo conformada por el Sr. Heinrich von Baer L., Rector de la Universidad de La Frontera y por los vicepresidentes Srs. Mario Maturana C., Rector de la Universidad de Atacama y Bernardo Donoso R., Rector de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso.

En 2015, el Pleno de Rectores, aprobó la fusión de la Fundación Red Sinergia Regional y la Agrupación de Universidades Regionales, creando una sola unidad operativa con el objetivo de mejorar flujos de información, optimizar el uso de los recursos y facilitar la relación con la Directiva y las necesidades del Pleno de Rectores.

Las 22 universidades que se reúnen en AUR, todas con sus casas centrales en regiones, tienen un compromiso misional con el desarrollo de las comunidades y territorios en que se emplazan. Su aporte es vital para animar el quehacer intelectual, la inclusión y el desarrollo social, valorar la diversidad y atender la vulnerabilidad, colaborar con el sector productivo, apoyar las políticas y programas públicos, promover la cultura y el rescatar la identidad de los territorios. En esencia, su quehacer promueve la regionalización y el desarrollo.